Привет.
Перекидываю документ из одной базы в другую. В реквизите Ответственный некоторые пользователи между базами совпадают, а некоторые нет. Соответственно, если совпадают, там поиском находится и проставляется. Если не находится, мне нужно, чтобы пустое поле оставлялось, а он ставит ссылку из другой базы: <Объект не найден> (...)
Что нужно в правилах проставить, чтобы если не найден реквизит, то и не ставилась ссылка?

а кто вам сказал, что "а он ставит ссылку из другой базы" означает что это ссылка из другой базы?

ПКО для пользователей есть? как настроен поиск?
у вас по уид и не создавать?
меняйте.

(1) на что менять? убрать поиск по уид?

стоп в ПКС, вроде, есть свойство найден/не найден
там отмену при не найден

нет - в ПКО

написать в при загрузке, например
Отказ = Не ОбъектНайден;

(4) только надо После загрузки делать, тк При загрузке нет Отказа. Но это не срабатывает. Возможно, потому что объект не загружается, он ведь просто ищется.

(5) ну да, наверное. главное направление понятно

замените на пустую
если объект не найден

(0) Получилось решить вопрос?
Если нет, попробуй следующие варианты:
1) У справочника "Пользователи" в событии "При загрузке" проверять значение "Объект не найден". Если Ложь - устанавливать значение Справочник.ПустаяСсылка. Это должно сразу решить вопрос. Если не помогло, попробуй сделать тоже самое в событии "После загрузки".
2) Более ресурс затратный вариант, не считай его оптимальным - в глобальном событии "После загрузки объекта" определять из метаданных тип документ. Пройтись по метаданным документа, определить реквизиты с типом "Справочник пользователи", если битая ссылка - заполнять пустой ссылкой.
В целом первый вариант должен решить вопрос