Товар на складе точно есть. Кроме того, в самом РМК в заказе есть инфа «Доступно: 100шт».
Но если пытаюсь «Отгрузить» выходит сообщение «Контроль остатков. Измените количество или удалите товар на складе ХХХ остаток 0 шт, недостаточно 1 шт.

Контроль остатков, конечно же, включен.
Что не так в настройках? Может порядок действий при Отгрузке не верный?

(0) cмотреть регистр по остаткам, что там пишет

отчет Остатки товаров, Движения товаров разве не туда смотрит. Они тоже показывают что товар на этом складе есть.