В документе Корректировка поступления нет движений по НДС, если организация на УСН и является плательщиком НДС 20%.
Релиз 171.23. Подскажите куда смотреть.

Посмотрите модуль объекта, процедура ОбработкаПроведения

Вопрос снимается. Почему-то в свойствах организации ставка НДС слетела с 20% на 5% (Соответственно, возмещения нет). Будем разбираться, почему слетело.