раньше так было
снял галку бух учета и документ в бух не будет обменом попадать

а сейчас как такое делается на ут 11.хххх  и бухгалтерии 3.0 ??

Никак. В УТ теперь есть Управленческая организация. По ней проводите операции, которые не должны попадать в БП.

(1) Как-то неудобно. Бывает задним числом мелкие оптовички-покупатели просят переиграть ранешние реализации в ту или в другую сторону. Одно дело галку поставить/убрать и другое дело менять организацию. Нет?

(2) Привыкли уже.

(2) Можно сделать признак отражения в БУ дополнительным реквизитом / свойством для документов, а перед выгрузкой в БУ  отбирать и удалять ненужные документы из плана обмена.