Доброго дня.
В разделе "Налоги и отчётность" включена "Общая" система налогообложения. При этом, на вкладке "НДС" есть настройки "Организация освобождена от уплаты НДС" (отключена), "Начисляется НДС по отгрузке без перехода права собственности" и "Контролировать долю вычета" (включены).

А настройки "Ведётся раздельный учёт входящего НДС по способам учёта" нет...

Конфигурация Бухгалтерия НКО 3.0.156.5