Есть контрагент, поставщик и покупатель одновременно. У него еще с 2022 года висит переплата, которая была внесена как ввод начальных остатков. Договоров у клиента нет, в документах указывается <не указан>.
  И вот решили эту переплату зачесть. Т.е. за последний на сегодня заказ клиент заплатил сумму за минусом переплаты. В документе ЗаказКлиента при зачете платежей отображается сумма последней оплаты, а суммы переплаты нет. Увидеть ее можно в акте сверки взаиморасчетов.
То что гуглил не помогло. Пробовал «Казначейство» – «Взаимозачеты и списания задолженности» – «Взаимозачет задолженности», ничего не вышло. Расчитывается взаимозачет на сумму последней оплаты.
  Наткнулся на статью о пекреносе переплаты с одного договора на другой, но это не мой случай, договора нет.
   Как зачесть эту переплату?

Если сумма переплаты как поставщика, то заказ клиента её не увидит. Всё таки надо делать взаимозачёт. Он необязательно по договорам ведь

(1) Как понять "сумма переплаты как поставщика"? Сумма переплаты пришла из другой базы вводом начальных остатков и что теперь с этим делать?
  А взамозачет не подтягивает сумму из начальных остатков

Давайте картинку всех движений дока ввода начальных остатков по этому контрагенту.

(2) вы же понимаете что расчеты с клиентами и расчеты с поставщиками это разные регистры?

(2)[договора нет]
скорректируй движения ввода начальных остатков на договор