Подскажите как может быть такое , что две номенклатуры имеют идентичный код. После переноса документа в бухгалтерию из УНФ

Очень просто, пользователь просто поменял наименование, потому что старая номенклатура уже не используется.

потому что в режиме загрузки данных при обмене не контролируется уникальность кода

при отсутствии контроля записи можно писать что хочешь и куда хочешь. например, при переносе из базы в базу такая хрень постоянно происходит. для решения этой проблемы изобрели префиксы

(0) А почему нет?

(0)
1. В базе отключен контроль уникальности кода.
2. Номенклатура приехала с обменом, а при обмене проверки не выполняются.