MSSQL базы в кодировке Latin1_General_CI_AS. Всего лишь нужно выгрузить базы из 1С, удалить их из SQL, создать новые, но уже в кодировке Cyrillic_General_CI_AS и загрузить выгруженные базы в 1С.
Системные базы SQL тоже нужно в Cyrillic_General_CI_AS перевести.
надо переустановить MSSQL Server с указанием параметра сортировки Cyrillic_General_CI_AS при установке.