Возможно сама ситуация не корректна, но спрошу.
Что есть:
Поступление товаров№1 Товара1 на Склад1
Поступление товаров№2 Товара1 на Склад2
Услуги доставки Товара1 на Склад2 (Склад2 находится в другом регионе, соответственно  появляются услуги по доставке)

После закрытия месяца, согласно учетной политике, стоимость Товара1 на обоих складах будет одинаковой.
Но Коммерческий отдел говорит, что это не верно,
так как они После продажи по Склада2 получают меньше прибыли на самом деле,
чем от продажи с ближнего склада, ведь на ближний склад не везли.

Все правильно говорит

(1) Обособлять?

(2) так надо тогда сразу указать, что какое-то обособление в настройке базы включено или нет.

(2) Открой для себя второе распределение по порядку

После закрытия месяца, согласно учетной политике, стоимость Товара1 на обоих складах будет одинаковой

А как ты такое добился? ведь Склад является разделителем себеса

(5) Еще раз проверю, может есть еще какой-то промежуточный склад.
Я смотрел себестоимости, они были равны, всю цепочку перемещений поленился посмотреть.

(3) обособлений пока нет

возможно - услуга по доставке в другом месяце.
возможно в момент оприходования услуги товары все уже проданы, в этом случае по БУ/НУ услуги по доставке относятся на 91.2 Прочие расходы. Вроде так. Могу ошибаться.

(8) ерп может размазать как на все поступления, так рапределить на выбывшие товары

нужно не в целом распределять, а по документам