Насколько я Вас правильно понял, то:
https://its.1c.eu/db/metod8dev/content/2943/hdoc
[
Для хранения описаний структуры метаданных в конфигурации "Конвертация данных 2.0" используются справочники Конфигурации, Объекты, Свойства и Значения... Справочник Значения предназначен для хранения значений перечислений и предопределенных элементов объектов метаданных конфигураций.
...
Правило конвертации уже создано, поэтому остается только определить соответствия между значения приемника и источника. Это легко сделать с помощью обработки "Автонастройка правил конвертации значений" (пункт "Синхронизация значений объектов" подменю "Обработки").
]
Имхо, я бы в таком случае просто бы исключил(проигнорировал) не нужные предопределенные. Чтобы не работали алгоритмы подобные:
...
Если Свойство = "{ИмяПредопределенногоЭлемента}" Тогда
Попытка
Ссылка = Менеджер[Значение];
Исключение
Ссылка = Менеджер.НайтиПоКоду(Значение);
КонецПопытки;
Возврат Ссылка;
...