Если нужно передать через интернет из 1с разные структуры упакованные в json и одновременно кусочек html.
Передача через метод УстановитьТелоИзСтроки.

Как лучше это сделать?

Если Html завернуть в тот json, не будет ли избыточности кодирования?
Или может есть другие варианты?

да как угодно
Base64
Json
Что значит избыточности кодирования?

создавай структуру
в нее по разным ключам что угодно распихивай в т.ч. кусочек html
парой строк структура в Json и айда.

(1) > Что значит избыточности кодирования?

всякие спец.символы из html будут дважды кодироваться при упаковке в json.

(2) А зип-поток их запихни, а его в б64...