Почему при использовании &НаКлиенте

код 1 верный:
&НаКлиенте
Процедура Команда1(Команда)     
    ДополнительнаяПроцедура();
КонецПроцедуры
ПРоцедура ДополнительнаяПроцедура()
    Сообщить(1234);
КонецПроцедуры

//*********************************
код 2 ошибочный:
&НаКлиенте
ПРоцедура ДополнительнаяПроцедура()
    Сообщить(123);
КонецПроцедуры  

Процедура Команда1(Команда)     
    ДополнительнаяПроцедура();
КонецПроцедуры

&НаКлиенте - это метка для конкретной процедуры?

потому что с сервера нельзя вызывать клиент. напиши

&НаКлиенте
ПРоцедура ДополнительнаяПроцедура()
    Сообщить(123);
КонецПроцедуры  

&НаКлиенте
Процедура Команда1(Команда)    
    ДополнительнаяПроцедура();
КонецПроцедуры

(0) если модуль формы или клиент северный, нужно писать для каждого метода

Если нет никакой "метки" - по умолчанию считается, что выполняется на сервере. А с сервера нельзя вызывать клиент

(0) если параметр не указан - по умолчанию &НаСервере
&НаКлиенте
Процедура Команда1(Команда)    
    ДополнительнаяПроцедура();
КонецПроцедуры
ПРоцедура ДополнительнаяПроцедура()
    Сообщить(1234);
КонецПроцедуры

то же самое что:
&НаКлиенте
Процедура Команда1(Команда)    
    ДополнительнаяПроцедура();
КонецПроцедуры
&НаСервере
ПРоцедура ДополнительнаяПроцедура()
    Сообщить(1234);
КонецПроцедуры

во втором случае у тебя:
&НаКлиенте
ПРоцедура ДополнительнаяПроцедура()
    Сообщить(123);
КонецПроцедуры  
&НаСервере
Процедура Команда1(Команда)    
    ДополнительнаяПроцедура();
КонецПроцедуры

поэтому хороший тон всегда писать где выполняется процедура

(0) > &НаКлиенте - это метка для конкретной процедуры?
Да. Цитата из справки:
"&НаКлиенте (&AtClient) — определяет клиентскую процедуру (функцию)"