Если кто-то применял эту подсистему в БСП, то возможно знаете ответ на вопрос. Каким образом там работает автоматическое окончание замера производительности и когда его можно применять?

Насколько знаю - там подключается обработчик ожидания, и когда управление возвращается на клиента (Например при замере процедуры с серверным вызовом) - обработчик - срабатывает - и завершает замер. Если замер нужно завершить раньше чем управление передается на клиента - его следует завершать вручную (кодом).

(1) понял. что завершать можно вручную это понятно. пытаюсь понять когда стоит / можно использовать авто завршение

Наверное, когда есть желание измерить фрагменты некой длительной операции, тогда авто не подходит.

(2) (3) ну в общем то да ...:
1. Тебе надо замерить открытие формы - Начинаешь при создании на сервере, он заказнчивается сам, когда у пользователя форма открылась и управление передалось пользователю (Программа отвисла).
2. Тебе надо замерить время установки условного оформления при открытии формы - Начинаешь замер перед вызовом "Установить условное оформление", и вручную заканчиваешь сразу после вызова процедуры.