Или по магазинам с типом "Склад управляющей системы". Нет ни информативных остатков, никаких. Так и задумано? И если да, то можно как-то это изменить? Чтобы остатки переносились с УТ, чтобы все в рознице показывалось?

Ап!

Решил вопрос. Надо было в УТ поменять тип склада с оптового на розничный. Потом зайти в настройки синхронизации с Розницей и там добавить на вкладке "Правила отправки данных" этот склад.
Теперь остатки будут переноситься в розницу.