привет
Subj

Полноценную рефлексию в 1С не завезли

(1) че?

(2) А чо хотел-то?

А зачем ее хранить?

ок.
обработчик команды формы был заимствован в расширение
с видом "после" (не суть)

потом если просто удалить код процедуры и попробовать еще раз позаимствовать процедуру, то
1С пишет, что уже создана процедура в расширении (но я ее удалил)

ну ок.

жмем на пункт уже создано (должно бы перейти, он ее нет и не переходит)
ок

вот вопрос теперь
"откуда 1С знает, что процедура уже есть в расширении, если ее нет ?"

(5) осталось в редакторе событий, посмотри в нем

(5) Если ты ее удалил, а она перед этим была сохранена... ну глючит конфигуратор в этом вопросе. Пересохрани еще раз. И может быть даже конфигуратор перезапусти.
Это тебе надо еще Хранилище конфигурации установить и там помучиться, как это все организованно работает ;-(

То, что уже добавлено - оно просто считывается из расширения. Если расширение подгружено в память или в кэш, то считывает именно оттуда.
Что тоже (протухший кэш) может быть потенциальным источником ошибок.