При сравнение конфигурации поставщика и основной конфигурацией много объектов с различиями только в справочной информации, как эти объекты сделать одинаковыми,чтоб не было различий?
В общем случае никак, т.к. оно зависит от используемого движка ИЕ в ОС хоста, где запущен процесс конфигуратора.
Т.е. (1) намекает на сравнить-объединить и принять изменения, но это только частный случай и может не сработать.