Если заблокировать фоновые задания в сервере 1с, то как правильно заметили не будет выполняться постобработка после обновления. Я бы не стал отключать постобработку.
По обмену не понятно причем тут блокировка фоновых заданий. Отключите авторасписание обменов и не надо блокировать фон.задания. Сделаете вручную обмен, если это РИБ. Или если обмен с другой конфигурацией, то обмен уже после обновления