Почему Приходный ордер на товары ( ордерный склад ) не создаёт приход по остаткам организации, а реализация разумеется создаёт?
Приходный ордер на товары создаётся на основании Приобретение товаров и услуг ( Импорт товары в пути )

Посмотри на ИС - там была подробная статья, как работает товары в пути.