Если непериодический независимый регистр сведений, одно из измерений Дата время. Почему при записи в этот регистр ошибка Запись с такими ключевыми полями существует! Время-то другое.

(0)
Существует запись именно с таким временем (а там точно такое время может только дата).

Обработка записи записи.
1. В модуле регистра может чего добавили?
2. Есть подписка.
3. Попробовать поискать сообщение в модулях конфигурации.