Написать текст запроса ручками, без использования конструктора.
Либо запускать конструктор там, где этот регистр будет виден, - в расширении (например из модуля набора зписей этого регистра). Но в таком случае в конструкторе тебе будут доступны только таблицы, имеющиеся в расширении, а таблицы основной (расширяемой) конфигурации, но не включенные в расширение, - нет.