Как сделать наценку по каждой позиции товара вполне ясно. Но вот сходу не нашёл-
как добавить наценку на всю накладную?
Например, при определенных условиях оплаты надо добавить 2% на все товары. Товар в евро.
.. возможно я ищу в конфигурации то, чего нет. Такая задача стоит передо мной. Не нет желания изобретать велосипед, который не обнаружил в типовой конфигурации.

11.4 под рукой нет, только 11.1
Но думаю там что-то похожее.

Справочник "Скидки/Наценки"
Приписываешь условия срабатывания и размер наценки.
Самое главное в описании условий прописать не "в строке", а "в документе".

в накладной меню Скидки и наценки - Назначить ручную скидку и наценку