ЗУП 2.5
Начисление делается через регистрацию разовых начислений.
Зашел в настройки среднего, открыл "Основной заработок индексируемый", внес нужное начисление в расчетную базу и ведущие начисления. Перепровел документы (хотя не уверен, что это необходимо), но при начислении отпуска нет этого начисления.
Что еще забыл?

в самом документе разового начисления ставили даты начала и окончания отличные от даты начисления
вопрос закрыт