Собственно как это возможно реализовать. Флаг "Предоставляется за фактически отработанное время" есть только у вида отпуска "Отпуск за вредность". Видел рекомендации фиксирования кадровыми документами начала и окончания периодов предоставления такого рода отпусков - но это просто нереально на практике.

Не поверю, что никто не сталкивался с доп. отпусками за фактически отработанное время.

Т.е. нужно все то же самое, что и тут https://its.1c.ru/db/updinfo#content:468:1:issogl2_1 но только для своих дополнительных отпусков.

(2) боюсь программно реализовано

В общем, как ни странно, достаточно просто через групповую обработку для нужного вида отпуска установить значение реквизита "Предоставляется за фактически отработанное время" = "Да" и все начинает работать (на форме элемента мы это не увидим, смотрим через универсальный отчет).

(4) Главное не перезаписывать)

(5) Не увидел проблемы - перезаписал, реквизит остался, остатки считаются корректно.

Формирую отчет по остаткам. Смотрим на количество дней.
Меняю реквизиты через групповую обработку.
Формирую отчет по остаткам. Количество дней такое же.
Интересно, почему?

(7) Неявки есть? Проставь и повтори - у нас проблем нет.