Проблема. Справочник1 владелец для Справочник2. Оба перенес в расширение. В конструкторе запроса не могу обратиться к Справочник2.Владелец - его там просто нет. Если добавлять вручную к тексту запроса, а затем попытаться открыть - ошибка. Хотя сама программа корректно работает.

Как победить?

(0) а что хочешь в этом расширении делать? модуль формы документа, справочника или как вообще объект выглядит, который программируешь? может это отчет/обработка?

Добавь его форму в расширение и владелец должен подтянуться

в свойствъх справочника в расширениях добавь владельца

(0) вообще, любые метаданные, которые не подтянуты в расширение, будут не видны при разработке со всеми вытекающими, но будут видны в контексте в режиме Предприятие. Поэтому, действительно, если есть неудобства при работе с расширением в конфигураторе, нужно добиться как-то, чтобы нужные метаданные были добавлены в расширение.
Либо
автоматически, например, при добавлении в расширение формы объекта этих метаданных,
либо
вручную (можно перетаскиванием).

Лично я иногда пишу код для расширения не в модулях расширения, где всего контекста все равно не будет - не переносить же в расширение всю конфу (!), а в модуле созданной для разработки внешней обработки. Когда код готов, переношу его в модули расширения.