Не могу понять

Вот есть у меня своя конфа, БСП встроена
Есть там объекты типа
НаправлениеНаАнализы
Диагнозы
и прочие медицинские

стоит ли смотреть в сторону КД 3.0 ? или она только для Контрагентов и СчетФактураПолученный?

ты можешь расширить пакет ED и использовать возможности данной конвертации

Можно, например, для документа НаправлениеНаАнализы использовать документ формата Оприходование. Добавить какой-нибудь признак в любой строковый реквизит, что это не Оприходование. а другой вид документа.
Потом в конечной базе в ПОД проверяем признак и включаем ПКО типовое или ПКО_НаправлениеНаАнализы...

Можно вообще свой формат создать и работать с ним.