Вопрос такой, был переход с ЗУП 2.5 на ЗУП 3.1, в документе Работа в выходные и праздничные нет пункта, способ компенсации,

Есть. В табличной части "Сотрудники". Может настройки не все сделаны.

Настройки-Расчет зарплаты-Настройка состава начислений и удержаний-Учет отстутсвий. У отгула стоит галка?

KnightAlone? нет, но он прога не считает выходные в упор

http://www.zup1c.ru/2016/12/09/oplata-za-rabotu-v-vyxodnye-i-prazdnichnye-dni-v-programme-1s-zup-3-1-3-0/

(0) написано, что не устраивает то, что нет способа компенсации. Способов компенсации 2 - отгул и двойная оплата. Если отгулы в настройках отключены, то и не будет выбора способа компенсации
(3) не понял фразу вообще

http://its.1c.ru/db/staff1c#content:33634:zup30 и