Добавляю новый отчет в конфигурацию. Вариант есть, в подсистему добавляю.

В режиме предприятия запускаю обработку обновления вспомогательных данных- базовая функциональность и варианты отчетов. Обновление проходит

в списке отчетов подсистемы добавленного отчета, варианта нет.

Что еще я не делаю?

Права на отчет то есть?

права-да. Отчет через все функции запускается, в командный интерфейс добавляется. Что - то не так с вариантами отчетов

.

Почитайте документацию по БСП, в частности раздел: Варианты отчетов.

Если вкратце, то:
- в отчете должно быть указано Хранилище вариантов (закладка прочее)
-в общем модуле ВариантыОтчетовПереопределяемый
   Процедура НастроитьВариантыОтчетов
        ВариантыОтчетов.НастроитьОтчетВМодулеМенеджера(Настройки, Метаданные.Отчеты.ТрудозатратыНормативы);

- в модуле менеджера отчета
Процедура НастроитьВариантыОтчета(Настройки, НастройкиОтчета) Экспорт
    НастройкиОтчета.Размещение.Вставить(Метаданные.Подсистемы.Бюджетирование, "Трудозатраты");

    НастройкиВарианта=ВариантыОтчетов.ОписаниеВарианта(Настройки,НастройкиОтчета,"ВсеРаботы");
    НастройкиВарианта=ВариантыОтчетов.ОписаниеВарианта(Настройки,НастройкиОтчета,"РаботыСТрудозатратами");
КонецПроцедуры


Если подсистема новая, то
-в общем модуле ВариантыОтчетовПереопределяемый
   Процедура ОпределитьРазделыСВариантамиОтчетов
       Разделы.Добавить(Метаданные.Подсистемы.Бюджетирование,"Отчеты по Бюджетированию");


После всего этого запустить Обновление вспомогательных данных.