Подскажите, можно в УТ 11.3 только настройками скидок, без написания внешних обработок, реализовать округление сумм по каждой строке РТУ до целого рубля?

Настройкой нельзя. Для чего вам округлять именно по каждой строке?

(1) Чтобы копейки даже теоретически не могли возникнуть при расчетах с клиентами. Ну раз нельзя, значит не надо :)

настрой скидки автоматические и укажи применение построчно

(3) то есть - можно?

ну как бы думаю да, в общем надо попробовать. Скидки прекрасно применяются построчно, почему скидку с типом округление не применить построчно. Создать группу совместного применения с указанием построчно и туда закинуть скидку с округление суммы документа.

(5) я вот сейчас смотрю и у меня не получается, есть только тип скидки "Округление суммы документа", построчного округления нет, а для скидок суммой и процентом нельзя указать округление

(5) Нет, для округления по сумме документа так не работает. Понятно, что правильнее всего написать свою внешнюю обработку для такой скидки.