За учёт НДФЛ отвечают РН-ы:
Расчет налогоплат-в с бюджетом по НДФЛ
Расчет  налоговых агентов с бюджетом по НДФЛ.

При начислении НДФЛ делается Приход Расчет налогоплат-в с бюджетом по НДФЛ
При выплате зп Расход Расчет налогоплат-в с бюджетом по НДФЛ
и там указывается Сумма выплаченного дохода.

Так вот откуда она берётся?

отладчик рулит!

(0) Алнгоритм там весьма непрозрачный. В документе выплаты ЗП есть удержанный НДФЛ, но нет суммы выплаченного дохода (или закрыта от пользователя).

В итоге не раз сталкивался с ситуацией, когда во 2 разделе 6-НДФЛ сумма налога верная, а сумма дохода больше или меньше, чем в документе начисления (который поставил НДФЛ в приход).

Так что тот же вопрос.