Учет ведем с января 2017 г, начальные остатки по зп ввели документом Начальная задолженность по зарплате. делаем в январе выплату задолженности, в документе месяц выплаты ставим январь 2017 г. В колонке НДФЛ к перечислению расшифровываем, что выплачиваем сумму НДФЛ за декабрь 2016 г. Но данные суммы не попадают в раздел 1 6-НДФЛ за 1 квартал в строку 070. По идеи надо как-то внести остатки по регистру Расчеты налогоплательщиков по НДФЛ,через Операция учета НДФЛ не получается. Существует какая-то рабочая схема по моему случаю? Заранее спасибо.

Посмотр, какой "хвост" должен попасть в раздел 2 в 1 квартал 2017 года в старой программе, а потом внеси вручную в 6-НДФЛ в раздел 2 в ЗУп 3.1, и не парься.

(0) Где то в администрировании есть документ "Перенос данных". Им любые регистры корректируются, посмотри.

(2)
Берем в старой базе делаем отчет за 17 год 1 квартал, видим хвост от 16 года, вносим руками в новую программу. Вуаля!

Зачем тащить в новую базу учет НДФЛ от 2016 года?