Есть регистр сведений, одно из измерений которого имеет тип Хранилище значений.
Если удалить записи этого регистра, удалятся ли из базы те двоичные значения, которые хранились в записях. Другими словами, очищается ли место в базе, где хранились данные хранилища значений, если удалить записи РС ?

Да. Физически - после сжатия.

Данные ХЗ хранятся в таблице РС. Где же еще по-твоему?