Как бы вы решили такую задачу - есть множество почти типовых баз, необходимо их массово обновлять. Просто накатить .cfu нельзя - есть объекты, которые нужно сравнить-объединить руками.
На данный момент вариант решения такой:
1. На тестовой базе вручную сравниваем-объединяем с cfu. Результирующую конфигурацию сохраняем под именем РезультирующаяКонф.
2. Для каждой конфы генерируем и запускаем bat-файлы с прописанным запуском 1с в пакетном режиме с параметром командной строки /LoadCfg [РезультирующаяКонф].