Добрый день!
Бухгалтерия предприятия КОРП, редакция 3.0 (3.0.44.124)

В справочнике Пользователи галочка "вход в программу разрешен".
Можно ли программно установить ее значение?
Где хранится информация при ее изменении?

Можно.
Реквизит Недействителен

(1) к сожалению это другой реквизит!
эта галочка "вход в программу разрешен" именно для того чтобы можно было зайти в базу, а "недействителен" чтобы отключить пользователя!

(0) БП3 под рукой нет, но думаю там аналогично документообороту:

Струк= новый Структура;
Струк.Вставить("ВходВПрограммуРазрешен",истина);

Чел=Справочники.Пользователи.СоздатьЭлемент();
Чел.ДополнительныеСвойства.Вставить("ОписаниеПользователяИБ",Струк);
Чел.Записать();

(3) Спасибо Вам огромное!