СтандартнаяОбработка = Ложь;
    Макет = ПолучитьМакет("Макет");
    
    ОбластьШапка       = Макет.ПолучитьОбласть("Шапка|Таблица");
    ОбластьСтрока      = Макет.ПолучитьОбласть("Строка|Таблица");
    ОбластьПодвал      = Макет.ПолучитьОбласть("Подвал|Таблица");

    НачалоПериода = КомпоновщикНастроек.ПользовательскиеНастройки.Элементы.Получить(0).Значение.Дата;
    КонецПериода = КонецДня(КомпоновщикНастроек.ПользовательскиеНастройки.Элементы.Получить(1).Значение.Дата);
    Пользователь = КомпоновщикНастроек.ПользовательскиеНастройки.Элементы.Получить(2).Значение;
    Контрагент = КомпоновщикНастроек.ПользовательскиеНастройки.Элементы.Получить(3).Значение;

    /////////Шапка/////////////
    ОбластьШапка.Параметры.Контрагент =  Контрагент;
    ОбластьШапка.Параметры.Пользователь = Пользователь;
    ДокументРезультат.Вывести(ОбластьШапка);
    Запрос = Новый Запрос;
    Запрос.Текст =
    "ВЫБРАТЬ РАЗРЕШЕННЫЕ
    |    РабочееВремяПользователейОбороты.Пользователь,
    |    РабочееВремяПользователейОбороты.Регистратор,
    |    РабочееВремяПользователейОбороты.Контрагент,
    |    РабочееВремяПользователейОбороты.ПериодДень,
    |    РабочееВремяПользователейОбороты.ПериодМесяц,
    |    РабочееВремяПользователейОбороты.Регистратор.Работы.(
    |        Работа КАК Работа,
    |        Длительность КАК Длительность,
    |        НачалоРаботы КАК НачалоРаботы,
    |        ОкончаниеРаботы КАК ОкончРаботы
    |    ) КАК СодержаниеРаботы,
    |    РабочееВремяПользователейОбороты.Регистратор.Дата КАК ДатаРаб
    |ИЗ
    |    РегистрНакопления.РабочееВремяПользователей.Обороты(
    |            &НачалоПериода,
    |            &КонецПериода,
    |            Авто,
    |            Пользователь = &Пользователь
    |                И Контрагент = &Контрагент) КАК РабочееВремяПользователейОбороты";
    
    Запрос.УстановитьПараметр("НачалоПериода", НачалоПериода);
    Запрос.УстановитьПараметр("КонецПериода", КонецПериода);
    Запрос.УстановитьПараметр("Пользователь", Пользователь);
    Запрос.УстановитьПараметр("Контрагент", Контрагент);
    
    РезультатЗапроса = Запрос.Выполнить();
    Выборка = РезультатЗапроса.Выбрать();    
    Пока Выборка.Следующий() Цикл
        ОбластьСтрока.Параметры.ДатаРаб = Формат(Выборка.ДатаРаб,"ДФ=dd.MM.yyyy");
        Выборка2 = Выборка.СодержаниеРаботы.Выбрать();
        Пока Выборка2.Следующий() Цикл
            ОбластьСтрока.Параметры.НачалоРаботы = Формат(Выборка2.НачалоРаботы,"ДФ=ЧЧ:мм");
            ОбластьСтрока.Параметры.ОкончРаботы = Формат(Выборка2.ОкончРаботы,"ДФ=ЧЧ:мм");
            ОбластьСтрока.Параметры.Работа = Выборка2.Работа;
            ОбластьСтрока.Параметры.Длительность = УчетВремениКлиентСервер.ЧислоВСтроку(Выборка2.Длительность)
        КонецЦикла;
        ДокументРезультат.Вывести(ОбластьСтрока);
    КонецЦикла;
    
    ДокументРезультат.Вывести(ОбластьПодвал);
    ДокументРезультат.ОриентацияСтраницы=ОриентацияСтраницы.Ландшафт;    

В результате выполнения запроса он выдает первую строку с правильным контрагентом, но данные не обязательно в первой строке. Подскажите где ошибся?

выводишь только последнюю строку из ТЧ так как вывод вне цикла.

напиши если не сложно куда вставить команду или перенести