После нажатия F7 в списке измененных объектов выводит еще один регистр (ВерсииОбъектов) - хотя я его не менял.

это же Версии объектов!
когда какие-то объекты, связанные с ним изменяются, то и реструктуризация регистра может произойти

Кажется понял: в регистре есть измерение Объект = справочникСсылка или ДокументСсылка. И видимо при добавлении любого спр/дока - реструктуризация. Печально однако.