читаю описание:
http://its.1c.ru/db/bspdoc#content:303:1:issogl2__настройка_обмена_электронными_документами

Я так понимаю - у банка есть веб-сервис, который дергает 1С и передает по нему данные.
Где хранится структура данных, которые нужно отправлять в банк? Например, если это подписанный хмл-файлик - как ЭДО получает данные структуры и формирует файл?

не у всех банках

http://v8.1c.ru/edi/edi_app/bank/

а причём тут банк?
Ты формируешь документ, подписываешь его криптосистемой и через сеть спецоператора отправляешь контрагенту.
Тот получает, проверяет подпись, расшифровает и загружает к себе.

Стандарт взаимодействия между "1С:Предприятие 8" и Банком по технологии DirectBank http://www.v8.1c.ru/edi/edi_stnd/1c-bnk/index.htm

А далее по ссылкам, например http://www.v8.1c.ru/edi/edi_stnd/1c-bnk/asynchronous-bank.rar -  полное описание стандарта и схемы

(3) дениска, ты как всегда не в теме. Эдо - это не только обмен с контрагентами, это еще и прямой обмен с банком платежными документами