Как пометить на удаление документы указанного пользователем типа? Тип документа должен задаваться в обработке.

через метаданные.имя. строишь СЗ с пометкамии выводишь на форму. навскидку.

...перебираешь документы и каждый не помеченный на удаление - помечаешь на удаление. Так-то!

Сессия у вас у всех что-ли? Показывай, что уже сделано.

тип документа - это что? тип метаданных? или что то более хитрое?

Берешь обработку групповое изменение справочников и документов и помечаешь на удаление.