В настройках стукруты отчета есть установлен отбор "ОборотыДляГлавнойКниги=Да". Если его отключить, что во вторую таблицу обороты по кфо 5.1 будут попадать.
Я не спец. по бух.учету, тем более гос.учреждений :). Есть такое правило, что указанные мной проводки в главную книгу не должны попадать?