Есть старая нетиповая конфигурация, версия которой совпадает с конфигурацией поставщика. Есть обновление (cfu) версии на шаг выше. Правильно ли понимаю что если просто обновить старую нетиповую конфигурацию через конигурация-поддержка-обновить конфигурацию этим cfu не сравнивая при этом внесенные изменения, то ничего не сломается? Или конфликты возможны?

Сравнение запускается автоматически.