Добрый день.
При переносе платёжных поручений из бухгалтерии 8.3 в идентичную конфигурацию через ВыгрузкаЗагрузкаДанныхXML83 ,переносится организация,  и платёжки переносятся в неё. Как можно это исправить?

Проверь реквизиты организации, может кто что-нить изменил...

Справочник организации не синхронизирован по гуид

А как его синхронизировать по гуид?

(3) помечаешь "старую" организацию на удаления - пытаешься удалить (через Администрирование - удаление помеченных) - не можешь, т.к. на неё есть ссылки.
И там делаешь ПКМ на удаленную организацию и выбираешь "Заменить во всех местах использования" на "новую" организацию.

при следующем обмене она у тебя не задвоится.

p.s. скорее всего у тебя задвоились не только организации, но и например, валюты. в частности "рубли"