Бухгалтер как-то умудрился добавить в базовую бухгалтерию 2 организации. Из=за этого постоянно появляются ошибки, что в базовой версии можно вести только 1 организацию. И не позволяет левую организацию удалить с той же ошибкой.

с кем не бывает

бухгалтера - наказать.
данные - перенести в другую базу..
зы.. хотя, бухгалтера нужно за счет 1С премировать)).. хороший тестер))

(2) а есть для 3.0 обработки типа "Перенос по организациям"?

(2) Типовыми средствами это будет непросто. Программисту - отдать 10 процентов прибыли от переноса бухгалтеру. Таких надо поощрять !

(3) а план обмена?

(5) Думаю все типовые средства не заточены под две организации.