Подскажите как можно запретить делать запись в один конкретный регистр если выполняется востановление последовательностей.

Если есть такая потребность, значит не правильно организовано хранение данных.

А вообще, отключай автоудаление записей у регистра. Возводи флаг Восстановления последовательности, и не удаляй по флагу.

смысл такой то что есть регистр регистрации изменений в документак на основание которого потом делается выгрузка, и при востановление последовательностей он считает что док изменился и делает туда движение.

а за чем свой велосипед с регистром изобретать, если есть ПланыОбмена?
А в целом направление я написал.