этот

<?xml version="1.0" encoding="UTF-8"?>
<catalog>
    <shop>
        <categories>
            <category id="00003">Фотоаппараты</category>
        </categories>
    </shop>
</catalog>

и этот

<?xml version="1.0" encoding="UTF-8"?>
<catalog>
    <shop>
        <categories>
            <category id="00004">Фотовспышки</category>
        </categories>
    </shop>
</catalog>

в итоге получить этот

<?xml version="1.0" encoding="UTF-8"?>
<catalog>
    <shop>
        <categories>
            <category id="00003">Фотоаппараты</category>
            <category id="00004">Фотовспышки</category>
        </categories>
    </shop>
</catalog>

Всё зависит от структуры - не факт, что она одинаковая.
Самое простое - загрузить данные из двух файлов во временную таблицу (или массив) и выгрузить обратно.
Также можно "прогуляться" по DOM-модели.

(0) Вытащи XPAth все узлы из второго дерева и итеративно их обходя, юзай методы в основном дереве СоздатьЭлемент и какие там еще нужны, вставляй в дочерние для <shop>.

+2
Только вместо СоздатьЭлемент() надо ИмпортироватьУзел() и ДобавитьДочерний()