После того как закрыли сотруднику дополнительный отпуск (ненормированый) время прибывания в данном виде отпуска выпало из стажа. Правильно ли это?

Ну так настрой стаж для этого отпуска, какая проблема?

Что значит "ненормированный" отпуск?

ПО принципу Карлсончика, он улетел,но обещал вернуться!

интересный вопрос, как увеличить продолжительность отпуска сотрудника в зависимости от стажа?
Вручную персональную настройку продолжительности ежегодного отпуска для всех "кандидатов" настроить?

(4) автоматически штатными средствами - никак.
но можно отслеживать штатными средствами стаж, и заводить сотруднику право на дополнительный отпуск индивидуально.