Подскажите почему условие в запросе не отбирает все записи?
ГДЕ
        |    ВложенныйЗапрос.Контрагент В ИЕРАРХИИ (&Контрагент)

Запрос.УстановитьПараметр("Контрагент", Справочники.Контрагенты.ПустаяСсылка());

Потому что ты не на клюшках сидишь, а в снеговике