Ищу пути восстановления периферийной базы, вопрос:
Если в центральной удалить поврежденную периферийную базу, а затем создать базу с таким же кодом периферийной базы, при выгрузке в новую периферийную базу попадут документы с видом миграции "Место создания и центр" созданные в поврежденной периферийной базой?

(1) приемлимо такое решение?

Приемлимо

Можно заново первичную выгрузку сделать, подредактировав таблицы УРБД чтобы периферийка считалась невыгруженной.

тут почитай http://www.forum.mista.ru/topic.php?upd&id=636571

(4) А нафига такие сложности?
1.Заходит в 1sdbset d В поле DBSTATUS меняем C на N
2.Делаем первичную выгрузку.
3.Загружаем в пустую базу.
4.Пишим обработку прохода по всем справочникам и делаем Записать() у тех что принадлежат НуднойБазе
ИбСозданияОбъекта()
ТОже делаем и с Документами.
5.Делам повторную выгрузку.

Все периферийные базы при попытке загрузки пишут "Данные из указанного файла переноса данных уже загружались в текущую ИБ"
Это можно как-то исправить?

(6) да.

http://my1c-archive.narod.ru/knowhow/uribhow1.htm