При поступление товара происходит приход.
При возврате тоже приход, но с отрицательным количество.
В итоге при выводе отчета по остаткам (а он берет обороты, позиция схлопывается в ноль), ну и такие позиции не выводятся.

Это вообще правильно? Получается, что нет никакой аналитики по товарам который вернули (кроме ведомости по партиям).

В принципе правильно. Насколько помню, в бухе это называется метод "красного сторно".
Честно говоря непонятно, какая была бы аналитика, если бы по регистру при возврате проходил расход? Все равно придется либо регистр добавить оборотный по возвратам, либо свой отчет с отбором по виду регистратора воять.

(0)[Получается, что нет никакой аналитики по товарам который вернули (кроме ведомости по партиям).]
конечно же Ведомость по партиям товаров в разрезе регистратора, равно как и Отчет Закупки в разрезе документа поступления