создал документ путём копирования типового документа "Расчет себестоимости выпуска". И вот мой документ не удаляет движение в регистре "затраты на выпуск продукции (БУ)" при отмене проведения

Поставь галку "Автоматически удалять движения".
Или руками в модуле документа чисти