Вообщем префиксировал справочник номенклатура(не все) для уникальности(некоторые). Пример был Код 0001 стал 1001. Теперь если добавлять новую Номенклатуру, создается с Кодом 1002, а как сделать что бы она придерживалась старой Кодификации? Что бы дальше при создании новой номенклатуры автоматически создавалась с Кодом 0002

Использовать для новых префикс 0

Короче, префиксация должна если использоваться - то ВСЕГДА.
Иначе будет больно. И префиксы ессно должны быть одинаковой длины.

Уточняю на всякий случай.
Есть такое событие у документа - ПриУстановкеНовогоНомера. Если нужна нумерация в рамках разных префиксов - их там нужно явно назначать. В противном случае платформа ничего не знает ни о каких префиксах и тупо прибавляет единичку к максимальному номеру.