Пока еще нуб, сильно не издевайтесь.
Красный = Новый Цвет(255, 0, 0);
Если СтрокаТаблицы.Цена2 <> Строка.цена Тогда
  ЭлементыФормы.ТоварыМенедж.Колонки.Цена.ЦветФонаПоля = Красный;
КонецЕсли;
Вот у меня сравнило две цены, они не равны и вся колонка с ценой стали красный.
А как сделать что бы красной стала только та ячейка, в которой цены не ровны?
Заранее спасибо.

Это в одной табличной части сравнивает. Одна цена взята из файла excel а вторая из регистра сведений.

Надо использовать метод табличной части при выводе строки

и использовать переменную
ОформлениеЯчейки

В данном случае как-то так
ОформлениеЯчейки.ячейки.Цена.ЦветФона = Красный;